Posso tentar adivinhar:
Tu desenhaste com uma ferramenta que, para dar um aspecto suave, cria tons de cinza intermédios entre o preto e o branco.
Quando pintaste o desenho fizeste-o numa camada por baixo da que tinha o desenho em linha, ou seja, esses tons de cinza criados para dar o efeito suave não têm transparência logo surgem evidentemente contrastantes que as cores que estás a utilizar.
O efeito corrige-se se colocares a camada que tem o desenho em modo 'multiply', ou seja, à transparência, sobrepondo cores.
Se não for isso não sei o que possa ser.
